相比于傳統的表面分析技術，掃描探針顯微鏡有很多優勢，不僅能夠得到高分辨率的表面成像，還能對材料的各種不同性質進行研究，與此同時，他還在向著更高的目標發展，換言之，SPM已經不僅僅作為一種測量分析工具，它更是一種加工工具，也將使人們有能力在非常小的尺度上對物質進行改性、重組以及再造。它的發明，對于人們認識世界還有改造世界的能力將起著非常大的促進作用，但受制其定量化分析的不足，所以SPM的計量化也是人們正在致力于研究的另一重要方向，這對于半導體工業還有超精密加工技術來說意義重大。
　　然而，掃描探針顯微鏡也并非十全十美，它也有很多缺憾，因為其原理是控制具有一定質量的探針進行掃描成像，所以掃描速度受到限制，測試效率比較其他顯微技術低；因為壓電效應在保障定位精度前提下運動范圍很小（很難突破100μm量級），但是機械調節精度又沒有辦法與之銜接，因此不可以做到像電子顯微鏡的大范圍連續變焦，定位與尋找特征結構比較困難；掃描探針顯微鏡中廣泛使用管狀壓電掃描器的垂直方向伸縮范圍比平面掃描范圍通常要小一個數量級，掃描的時候掃描器隨樣品表面起伏而伸縮，假如被測樣品表面的起伏超出了掃描器的伸縮范圍，那么就會導致系統無法正常甚至損壞探針。所以，掃描探針顯微鏡對樣品表面的粗糙度有較高的要求。
　　因為系統是通過檢測探針對樣品進行掃描的時候運動軌跡來推知其表面形貌。所以，探針的幾何寬度、曲率半徑還有各向異性都會引起成像的失真（采用探針重建可以部分克服)。