掃描探針顯微鏡與掃描電子顯微鏡相比，兩者雖然只相差兩個字，但是卻是完全不同的兩種設備，當然，其價格也是不一樣的，那這兩者具體都有哪些差異呢？

　　1、從功能上看：和傳統的顯微鏡相比，本顯微鏡具有高分辨率，可以輕易的看到原子，且它所得到的是實時的、真實的樣品表面的高分辨率圖像，從使用環境上來看，其使用環境較為寬松，既可以在真空中工作，又可以在大氣中、低溫、常溫、高溫，甚至在溶液中使用；而掃描電子顯微鏡對于使用環境要求比較嚴苛，樣品必須安放在高真空條件下才能進行測試。

　　2、從原理上看：本顯微鏡由于其工作原理是控制具有一定質量的探針進行掃描成像，因此掃描速度受到限制，檢測效率較其他顯微技術低；由于壓電效應在保證定位精度前提下運動范圍很小（目前難以突破100μm量級），而機械調節精度又無法與之銜接，故不能做到像掃描電子顯微鏡的大范圍連續變焦，定位和尋找特征結構比較困難；目前本顯微鏡中廣泛使用管狀壓電掃描器的垂直方向伸縮范圍比平面掃描范圍一般要小一個數量級，掃描時掃描器隨樣品表面起伏而伸縮，如果被測樣品表面的起伏超出了掃描器的伸縮范圍，則會導致系統無法正常甚至損壞探針。因此，對樣品表面的粗糙度有較高的要求。

　　3、從用途上看：掃描探針顯微鏡的應用領域是寬廣的，無論是物理、化學、生物、醫學等基礎學科，還是材料、微電子等應用學科都有它的用武之地。而掃描電子顯微鏡基本的功能是對各種固體樣品表面進行高分辨形貌觀察，大景深圖像是觀察的特色，例如：生物學，植物學，地質學，冶金學等等。

　　4、從價格上看：兩者從價格上比，掃描電子顯微鏡要貴得多。

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